A medida que las compañías adquirieron experiencia en la implementación de diseños de MIS que abarcaban toda la compañía, los gerentes de ciertas áreas comenzaron a aplicar el concepto a sus propias necesidades. Estos sistemas de información funcionales, o subconjuntos del MIS adaptados para satisfacer las necesidades de información acerca de las áreas funcionales que tienen los usuarios, recibieron mucha publicidad en algunas áreas y poca publicidad en otras. Mercadotecnia fue la primera área en concebir la noción de un sistema de información funcional, y se trabajo mucho en tratar de describir la forma en que la computadora podía aplicarse a toda la gama de operaciones de mercadotecnia.
El área de manufactura también adopto de manera entusiasta el computarizado y aplico la tecnología como un sistema de información conceptual y también como un componente de manufactura físico. Tecnologías como los robots de fábrica y los sistemas transportadores controlados por computadoras son ejemplos de la computarización de los procesos de manufactura físicos. Los esfuerzos por aplicar la computadora como sistema conceptual pocas veces se incluyeron dentro del área del sistema de información de manufactura. Más bien se adoptaron nombres como planificación de necesidades de materiales (MRP, Material Requirements Planning) y manufactura integrada a las computadoras (CIM, Computer Integrated Manufacturing) agrupamos todas estas aplicaciones bajo el nombre de sistemas de información de manufactura. asi mismo el area financiera no adopto el nombre de sistemas de información financiera, aunque allí abundan los sistemas de información computarizados. Un área funcional que si adopto el nombre de sistemas de información fue la de recursos humanos, y representa el área a la que se está enfocando la mayor parte de la atención actual. Los términos sistema de información de recursos humanos (HRIS, Human Resours Information System) y sistema de Administración de recursos Humanos (HMRS, Human resours Management System) son comunes. También se está enfocando mucho la atención en un sistema de información organizacional dirigido al nivel gerencial: el sistema de información para ejecutivos o EIS.
Un fenómeno extraño es el hecho de que la unidad de servicios de información no ha mostrado interés el aplicar el concepto del MIS a su propia area. El CIO y otros gerentes del IS han aprovechado información generada por computadoras desde hace muchos años, pero no han formalizado tal uso como sistema de información. (IRIS, Information Resours Information System). La imagen que mostramos a continuación nos ilustra la subdivisión del MIS en subsistemas organizacionales. Aunque en la imagen aparecen líneas claras que separan los subsistemas, no hay nada físico que los separe. Una buena parte de la base de datos que un subsistema organizacional usa también puede ser usado por otros, compartiéndose así gran parte del software. Los sistema de información gerenciales son una parte lógica más que física de considerar el MIS. Otro punto importante en lo que toca a los sistemas funcionales es que no son una alternativa a tener un MIS que abarque toda la compañía. Es difícil lograr que una compañía tenga un buen MIS si una o más de las áreas funcionales no contribuyen. La estrategia recomendad es implentar primero el MIS y luego los subsistemas organizacionales.